De Damvallei heeft een grote waarde voor volgende
habitats (met natura 2000-code):
- Hydrocharition en Magnopotamion (3150)
- Kranswiervegetaties (Characeae 3140)
- overgangs- en trilvenen (7140)
- vochtige tot matig droge, schrale maar basenrijke hooiweiden (Arrhenatherion (6510)
- dottergraslanden (Calthion) met op de schralere plaatsen overgangen naar blauwgraslanden (Eu-Molinion 6410)
- op de schraalste plaatsen vinden we overgangen naar heischraal grasland (Nardetalia 6230*)
- Elzenbroekbossen (91E0*) (Alnion glutinosa-incanae) op de uiterst natte, door kwelwater beïnvloede plaatsen
Verder komen nog levensvatbare populaties voor van volgende soorten:
- Kleine modderkruiper (Cobitis taenia, 1149)
- Bittervoorn (Rhodeus sericeus, 1134)
Het is dan ook niet verwonderlijk dat De Damvallei werd aangemeld als Habitatrichtlijngebied. Ondanks deze hoge beschermingsgraad zijn de unieke habitats en soorten van dit gebied in sterke mate achteruitgegaan als gevolg van sportvisserij (met onnatuurlijke visbepotingen), de aanplant van populieren op waardevol graslanden, de spontane verruiging en verbossing van natte hooilanden en moerassen, de intensivering van de landbouw zowel als de verwaarlozing van hooilanden, sluikstorten en de introductie van niet-inheemse soorten.