Natuurpunt is een vrijwilligersvereniging. Het grootste deel van de werking wordt gedragen door lokale vrijwilligers. Natuurpunt heeft 160 plaatselijke afdelingen die doorgaans meerdere werkgroepen hebben. Zij zijn verantwoordelijk voor de lokale werking. Afdelingen vormen de basis van onze vereniging. Er is ook een afdeling actief in jouw buurt.
Thematische werkgroepen houden zich bezig met de studie (verspreiding, ecologie, fenologie, …) of bescherming van een bepaalde soortgroep. Er zijn zowel gewestelijke als lokale werkgroepen.
Via de regionale koepels is Natuurpunt regionaal verankerd.